我国《刑法》对运输毒品罪与非法持有毒品罪的规定均属于简单罪状，对两罪之间具体区分的规定散见于其他司法解释及会议纪要、指导意见中。由于运输毒品罪中运输海洛因或甲基苯丙胺达五十克以上，法定最高刑为死刑，而非法持有毒品罪中非法持有海洛因或甲基苯丙胺五十克以上，法定最高刑为无期徒刑。

根据最高人民法院《关于执行〈全国人民代表大会常务委员会关于禁毒的决定〉的若干问题的解释》的规定，所谓“持有”，是指占有、携有、藏有或者其他方式持有毒品的行为。所谓“运输”，指明知是毒品而采用携带、邮寄、利用他人或者使用交通工具等方法非法运送毒品的行为。可见，非法持有毒品罪与运输毒品罪实际上存在一般和特殊的关系，运输毒品罪在客观上必然表现为非法持有毒品的行为，因此两罪存在一定的竞合关系。

两罪的区别主要在于：从非法持有毒品罪的立法目的来看，其是一种补漏之罪，立法者主要是为了防止那些持有毒品行为与走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品犯罪有关的人，因没有充分证据证明而逃避处罚。